Si tratta forse del tema centrale, e viene sviluppato perciò in quelle che originariamente dovevano costituire le pale dei tre altari principali della basilica stessa: sull’altare maggiore, infatti, doveva trovarsi la Deposizione attribuita a Bernardino Luini (secondo alcuni critici a Bernardino Ferrari), oggi nella Cappella Taverna (transetto destro); nella cappella Taverna si doveva trovare invece la Crocifissione di Giulio Campi (oggi sulla parete sinistra del transetto sinistro); nella cappella del transetto sinistro occupa invece ancora la sua collocazione originaria la grande pala con l’Ultima Cena di Gaudenzio Ferrari. Si tratta dei tre grandi momenti della Passione di Cristo: il Cenacolo esprime il dolore morale, il Calvario è la sintesi di tutta la sofferenza fisica del Salvatore, il Sepolcro esprime infine l’annientamento e l’umiliazione completa. Inoltre nel presbiterio erano in origine collocate le due tele del Salmeggia (oggi nella terza cappella sinistra), l’Orazione nell’orto e la Flagellazione, altri due momenti salienti della sofferenza – morale e fisica – di Cristo. Occorre anche tener presente che, durante il periodo liturgico quaresimale, gli organi presentano le ante chiuse, e ciò permette il completamento della lettura iconografica, mostrando la Lavanda dei piedi di Daniele Crespi a sinistra e l’Incoronazione di spine di Carlo Urbino a destra.
